Незарегистрированных мечетей, тайно существовавших в складских помещениях в колхозах или городских кварталах, было больше, чем официальных.

Многочисленные святилища привлекали к себе паломников, а празднования жизненного цикла часто включали чтение Корана или благословений, которые совершали старейшины общины. Многие из святынь принадлежали местным уважаемым семьям с хорошей родословной, которым удалось передать исламское учение от поколения к поколению.

В конце 1950-х годов некоторые из них начали тайно давать уроки избранным ученикам. Такие учебные кружки назывались худжра (по названию келий в медресе, где жили студенты): редкие в Центральной Азии места, где можно было делиться исламским учением. Большинство учителей были улемами, пережившими ужасы 1930-х годов, которым было важно сохранить в обществе знания об вере. Их мало интересовала и критика джадидов, и новые течения политического ислама, возникшие на Ближнем Востоке после Второй мировой войны.

Самым важным из этих учителей оказался Мухаммаджан Рустамов (ок. 1892–1989), известный своим ученикам по прозвищу Домулла Хиндустани, или «индийский профессор». У Мухаммаджана, представителя поколения джадидов, была очень необычная жизнь. Он учился в медресе в Коканде и Бухаре в период, когда джадиды критиковали традиционное образование в Центральной Азии. Их взгляды были ему неблизки, и во время потрясений Гражданской войны в России он уехал из Туркестана, намереваясь продолжить образование. Так он оказался в Индии (отсюда и прозвище), где учился в совсем не реформаторском медресе Усмания в Аджмере.

В 1929 году, как раз в тот момент, когда Сталин начал свою революцию сверху, он вернулся домой, и, разумеется, там его ожидали неприятности. За следующую четверть века более восьми лет он провел в заключении в трех разных местах, а в период Второй мировой войны служил в Красной армии и получил ранение на Западном фронте в Белоруссии.

После этого он некоторое время официально работал имамом САДУМа в Таджикистане. Выйдя на пенсию, он начал неофициально преподавать в худжре. Кроме того, он написал шеститомный комментарий к Корану, который остался неопубликованным.

Другой важной фигурой в кругах худжры был Алихан-тюре Шакирходжаев, бывший лидер второй ВТР, (Восточно-Туркестанская республика) которого советские власти похитили за непокорность и отвезли в Ташкент. Как и Хиндустани, он стремился к сохранению традиций: он хотел защитить исламское образование, а не подвергать его критике, что так любили делать джадиды. Советская власть стала для него испытанием веры, пройти которое можно было при условии, что будешь уповать на Бога и терпеть, а не вести политическую или военную борьбу. Ислам не был для него вопросом политики.